在龙恐惧于可能出现的危机，正勤修不缀时，决定木叶火影人选的会议再一次召开了。
猿飞在这一次会议中获得了全胜，他正式重新当上了火影，团藏虽然不甘心，但却无法抵抗猿飞的强势，至于大蛇丸呢，他根本就没得到多少票，人缘太差了！
这是可以预料的结果，猿飞本身就做过三代目，个人素质方面本身就比任何一个火影候选人都要优秀，再加上他在木叶的势力是如此的根深蒂固，而龙所伪装的‘水门’的支持给他的火影之路补上了最后一块短板。这么一来，猿飞再不当上火影就没天理了。
当然，虽然有上代火影‘水门’的支持，但非议还是再一次出现了，不过‘水门’的支持好像一个防御盾一样，将所有非议都全部挡下，非议最终因站不住脚——没看见所谓的阴谋受害人‘水门’都支持所谓的阴谋实施者兼受益人‘猿飞’，那还有什么可以非议的，以此，非议纷纷消失无踪。
猿飞当上了火影，那么他的徒弟大蛇丸当火影的机会自然而然的就被剥夺了。但大蛇丸依旧那副一看就显得阴险的老样子，他似乎对被自己的老师反对，并被夺去了火影之位没太多感觉，一点都没有愤怒之类的负面情绪出现。
甚至，仔细看大蛇丸的表情，大蛇丸的蛇瞳中还隐隐有一些兴奋隐藏在内，仿佛发现了什么宝物似的。
不过，大蛇丸终究还是在一些事情上改变了，最明显的改变即是他关于实验体选择方面的改变。
众所周知，大蛇丸就好像一个疯狂科学家，特别喜欢研究各种东西，尤其是对研究人体奥秘有特别的感兴趣。
既然要研究人体奥秘，一般的科学家都会从尸体着手，而且还必须经过家属同意，政府批准后才行。但大蛇丸觉得有限的生命不能浪费在顾忌各种规则上，所以他跳过了尸体，直接用活人进行实验。
在一开始，大蛇丸的活人实验体基本都是抓来的俘虏。再接着，抓来的俘虏已经满足不了庞大的活人实验体需求量了，他将目标瞄准了有特异能力的外村平民，直到变本加厉的用各种没有诚意的虚言诱惑投靠自己的手下担当活人实验体。
用活人当实验体已经是够恶劣的了，而接下来抓捕平民、哄骗手下当活人实验体则更加恶劣了，但这些在猿飞重新担任火影前所做的，相对于大蛇丸之后所做的还不是最恶劣的。
在猿飞重新担任火影的当天，就接到了报告——说有村民离奇失踪。猿飞派人前去调查，但毫无结果，接下来的好多天，村民接二连三的失踪了，数量已经可观到猿飞不得不将之作为头等大事，全力调查了。
这些失踪的村民全都被集中在了一个地方，那就是大蛇丸的实验室里，他们命运就是被当作活人实验体。
在猿飞的全力调查下，终于发现了蛛丝马迹，进一步追查之下，线索隐隐的指向了某一个人，不过这并非确凿证据，只能说明那人有嫌疑。
相比于猿飞的不确定，团藏早早的就清楚了一切。当然，这并非是说团藏与大蛇丸合谋抓捕村民当活人实验体，团藏虽然是大反派，但他是绝不会做这种事情的。