另一支满清偏师则在前港失利，损失颇多，其后满清户部承政：纳拉·马福塔、满清正白旗梅勒章京：他塔喇·英俄尔岱，趁明军不备之时督率清军及李氏朝鲜军队乘船挂帆鼓噪而进，终于突破了明军的防线。
两路清军乘胜进攻，李氏朝鲜军队本来不愿登陆作战，但在清军的压力下也不得不下船。
其中李氏朝鲜炮手们，还在战役中发挥了很大的作用，负责轰炸岛上抵抗的明军，尽管明军占据制高点顽强抵抗，导致清军在局部战斗中受挫，但也很难再挽回败局。
最终明莱州府副总兵：金日观、明登州府总兵：楚继功、明皮岛千总：张盘、明东江镇千总：朱国昌，等将领都力战殉国。
唯有明东江总镇总兵：沈世魁，率领残部杀了出来在逃跑寻船过程中，还让其妻儿先离开，并说道“本镇当死于此！”
随后就被老仇人满清水师总兵：耿仲明，麾下的满清汉军水师梅勒章京：刘福，所擒住并押送至满清户部承政与满清多罗武英郡王面前，但明东江总镇总兵却坐而箕踞，毫无惧色。
满清户部承政就用流利的大明官话，问他“你怎么不跪下？”
明东江总镇总兵说回答道“本镇怎会跪东虏建奴鞑子？还是快杀了本镇吧！”
这番话让满清户部承政非常恼火，当即让人去脱他的锁子甲，但却被明东江总镇总兵给挣脱开来，并骂道“凭什么要脱本镇盔甲？尔等一贯的作风就是杀其人穿其衣，今日杀了本镇之后你们就可以穿我的血衣，本镇绝不如你所愿，东虏建奴鞑子不会长久的。”
说完之后就仰天大笑，气得满清户部承政连忙下令将明东江总镇总兵拉去斩首，枭示旗下。
清军还对皮岛上的所有男丁，一律格杀勿论，不过从前与明降将孔、耿、尚，三人有过交情的则暂时保住了性命。
4月12日，满清多罗武英郡王：爱新觉罗·阿济格，的捷报传到大清国都盛京城时，十五载后顾之忧，一朝解除，不禁让满清太宗：爱新觉罗·皇太极，闻之龙颜大悦，还立即派遣满清国史院大学士：刚林，等人赍敕谕至皮岛，褒奖诸将。
此次「皮岛海战」以清鲜联军大获全胜而告终，清军付出了阵亡260人的代价，换取了明军阵亡上万人，只有明东江总镇总兵：沈世魁，之侄明皮岛左参将：沈志祥，率领5千余名残兵逃到了石城岛，与明沿海总兵：陈洪范，会合。
至此皮岛汉人军民以及商人们半死半逃，有365名水手和3116名妇女儿童被清军掳走。
此外清军的战利品还有蟒素缎匹42880匹、盔甲3417件、白银3万1千两、银器、玉斝及朱砂、玛瑙、璩珀、水晶，等杯共253件、琥珀3枚、犀牛角2140对、布匹氊条共191000多件，骆、马、牛、骡、驴共640多个、大船72艘、弗朗基大炮10门。
这让大明帝国经营了十五年之久的皮岛失守，损失了大量兵力和物资，而满清太宗：爱新觉罗·皇太极，则解除了困扰多年的后顾之忧，终于可以放手大举侵略大明了！
4月14日，清军凯旋而归，满清太宗下令重赏了李氏朝鲜参战将领，李氏朝鲜义州府府尹：林庆业、李氏朝鲜平安西道兵马节度使：柳琳，又以皮岛可比大城，特颁谕旨，命从优议叙先锋队的，满清镶黄旗牛录额真：瓜尔佳·鳌拜，等有功将士，赐［三等男爵］、封号〈满洲巴图鲁〉。
战后满清太宗就开始责备，清军中的汉人部队（乌真超哈、天佑军、天助军）在此次战役中的表现非常消极，主要还是满洲八旗兵发挥了作用，大概就是指这些汉人将领，原本都是原东江镇、皮岛部、辽东都指挥使司的明军原因。
待清军撤退后，李氏朝鲜仁祖陵阳大君纯孝郡王：李倧，听说明东江总镇总兵：沈世魁，死节的经过后，对他刮目相看。
还大加称赞道“朝鲜语：沈总镇总兵乃身于商贾之中，终至死节，甚是忠义之人也！有逃生之路，而效死不去，大明可谓有人矣！”
并指示有关部门准备棺椁，礼葬明东江总镇总兵以及死难的明军将领。
同时明分宜县学教谕：宋应星，写著了《开工开物》刊行，共有三卷18篇，全书收录了；农业、手工业，诸如砖瓦、陶瓷、硫磺、烛、纸、兵器、火药、纺织、染色、制盐、采煤、榨油等生产技术。
尤其是每一产品，从原料到成品的生产过程和工序，都有详细记述，且附有二百幅图画，具有极高的科学价值。