11月初3日，明毅宗：朱由检，下诏会推内阁成员，结果群臣们罗列出；明吏部左侍郎：成基命、明礼部右侍郎：钱谦益，等官员。
同时被会推者还有明礼部左侍郎：郑以伟、明詹事府詹事：李腾芳、明詹事府少詹事：孙慎行、明吏部右侍郎：何如宠、明南直隶礼部尚书兼翰林院大学士：薛三省、明詹事府左春坊：盛以弘、明南直隶礼部右侍郎：罗喻义、明户部尚书：王永光、明南直隶都察院左都御史：曹于汴，等共十一人。
其中明礼部尚书：温体仁、明翰林院侍读学士：周延儒，这两人以素无人望不予纳入，因此而酿成了各派之间的党争。
12月11日，由于闽南又遭遇大旱，导致饥民众多，而福建承宣布政使司泉州府南安县商民：郑芝龙，在明福建总镇巡抚：熊文灿，的支持下，再度招纳了漳州府、泉州府，两地的灾民数万人，稳定局面防止动乱。
官府每人发给白银三两、三人给牛一头，又在郑芝龙的带领下，用海船运到福建承宣布政使司对岸的台湾府去垦荒定居，还组织大规模移民，堪称大明帝国内陆移居台湾府的第一人。
也因此郑芝龙对于朝廷表现出了，剪除夷寇、剿平诸盗为己任，被明福建总镇巡抚诏授为「福建海防游击将军」任〈五虎游击将军〉之一。
离开了他多年经营的海上根据地台湾府，回到老家泉州府一带坐镇。
此时明福建海防游击将军：郑芝龙，已有部众3万余人、船只千余艘，但仍率领本部兵马，再天启七年～崇祯元年替朝廷守备沿海以防止海盗、倭寇和尼德兰人（荷兰人）的进攻，才被破格提拔为［福建总镇总兵］官职。
明崇祯二年公元1629年正月13日，后金天聪汗：爱新觉罗·皇太极，派遣后金辽阳府生员：郑信、后金海州卫把总：任大良，前去宁远卫给明辽东总镇经略：袁崇焕，送信表示要和谈和。
信中称；之前何必为了李氏朝鲜王国，而耽误我们两国的修好，去年正月就送信来要和谈了，可是竟然没有收到回信（那时候袁崇焕不在被卸任）现在听说你又上任了，所以赶紧派人送信给你。
但是这次送信因用印问题，当即就被明辽东总镇经略给驳回了。
正月21日，明毅宗召见明内阁首辅：韩爌、明东阁大学士：李标、明文渊阁大学士：钱龙锡、明吏部尚书：王永光、明南直隶都察院左都御史：曹于汴，等大臣于文华殿中，谕定阉党九千岁明司礼监掌印太监兼东厂提督：魏忠贤，逆案一事。
但是明内阁首辅等官员却不愿树敌太多，便仅仅拟定了四五十人以上作罢，这让明毅宗看后非常不悦，还传令以；赞导、拥戴、颂美、谄附，等为目地，将阉党人们罗列在其名单上。
还命南北镇抚司锦衣卫，拿出证据将党羽们统统罗列出来交由内阁群臣定罪。
2月16日，上谕曰；《会典》规定，民间有四五子愿以一子报官阉割者，有司造册送部选，敢有私自净身者，本身及下手之人处斩，全家发烟瘴地方充军，两邻歇家不举者治罪。
近来小民希图射利，违禁私行阉割，自今以后，且不收选，敢有犯者，按法正罪。十六岁以上罪坐本身及下手之人，十五岁以下罪坐主使及下手之人，其主使除嫡亲祖、父依故杀子孙律科断，如系伯兄母舅亲威人等，与同下手之人必杀无赦，倘有强阉他人幼稚希图诬赖的讯明反坐，亦不姑息，布告中外，确行遵守。
到了2月28日，后金天聪汗第二次派人送信称；老天希望我们两国修好，共享太平，我渴望和平，所以诚心派遣使者来，怎么议和，都听你们说了算。
这时后金天聪汗殷勤得不得了，一次送信没答复，就来第二次，如此反复。
3月15日，明内阁首辅奏上逆案，由皇帝陛下亲自裁定，自魏公公、客印月，磔死之外，其余阉党均以六等定罪，也因此把明太子太傅：崔呈秀，等五虎以〖首逆同谋罪〗当斩、明南直隶都察院右佥都御史兼操江提督：刘志选，等官员以〈交结近侍罪〉应斩，限其秋后处决。
明太子太师：魏广微，等11人与明东厂都督佥事：魏志德，等35人被罚充军罪，明苏杭织造太监：李实，等以交结近侍又次等罪充军、明建极殿大学士：顾秉谦，等129人以「交结近侍減等罪」坐牢三年赎罪为民。
前任明吏部尚书：黄立极，等44人被革职查办，明毅宗还下令废除（东厂）以南北镇抚司衙门来代替，并取消了司礼监总管南北镇抚司权利。
然而随即奇怪的事情终于发生了，这次后金天聪汗派来的使者，却在大明边界重镇宁远卫整整呆足了两个月之久，也就是整个三月和四月。
这段时间里鉴于东虏建奴鞑子使者频繁出现，因此明辽东总镇经略也不得不派人私信给朝中关系较好的明文渊阁大学士：钱龙锡，商量其事件。
之后到了4月初2日，明辽东总镇经略才派遣明宁远卫指挥使司副使：杜明仲，和后金使者一起前往后金国都盛京城。
4月25日，后金天聪汗派遣一个喇嘛去给明辽东总镇经略回信去了，在信里似乎表示和谈已成，后金天聪汗大谈划定双方界限，指出大明以大凌河为界，金以三岔河为界，中间则是其军事缓冲地带。
这简直完全就能够满足袁总镇经略，安安稳稳在大凌河等地修筑城池，死守宁远卫的如意算盘。