5月19日明神宗早朝退了之后，以平台方式召见明内阁首辅：申时行，等官员们商议大事，明陕西巡按兼都察院广西道监察御史：董子行，奏疏称“巡抚、巡按，官员当亲自巡历地方，不可推诿给其余将吏，巡抚宜久任，沿边兵备道官员宜加优待，沿边同知、通判等官员宜慎选用，破格迁除。”
明神宗则回复道“董爱卿所言甚是，边疆之事重大，若巡抚、巡按，官员不亲历地方专委小官，岂不误事也！”
但明内阁首辅等官员却上奏说“就如陛下所言，边疆之事全赖巡抚、巡按，官员他们每年巡历地方，而下人不敢欺骗，自能尽心料理，若巡抚久任，却不惟人才得以展布，发挥作用，而百姓亦得相安无事。”
明神宗则说“巡抚久任者，宁可加俸加衔，也不行以亲故赞其成，非大臣谋国之忠。”
立刻就被明内阁首辅奏辩道“当初陛下阅视此地时，都察院江西道监察御史李大人、都察院河南道监察御史江大人，可并没有说起此事，若轻易更动乃辅臣召对之典，自孝庙后至是再举。”
6月17日四川都指挥使司叙州府叙南卫建武守御千户所，参加哗变的士兵将领，明建武守御副千户：范泰龙、明建武守御千户所镇抚使：李德，等十余人被杀，并传首所部兵营。
又有四川承宣布政使司龙安府平武县杨柳蕃人进犯松潘卫金瓶堡，以及成都府茂州蕃人联合起来集结成48寨，北上进犯叠溪守御千户所与叠溪长官使司、普安堡、归水岩，一带导致川西震惊。
明四川巡抚：雒遵，得知消息后急忙派遣明四川总兵：李应祥，率兵前去征讨，以防叛军扩大战局骚扰军民。
6月23日明建州左卫军民指挥使：爱新觉罗·努尔哈赤，为报复章佳氏四世祖：爱新觉罗·萨木占，袭杀妹夫明建州左卫军民指挥同知：噶哈善·哈思虎，之仇，特意率兵4百人前往马尔墩寨。
征讨其中；纳木占、萨木占，兄弟俩与族人：油申、完济汉，一起对抗建州左卫军民指挥使司军队苦战四日，最终马尔敦寨城破。
油申、完济汉，两人逃往建州右卫军民指挥使司界凡城地界。
紧接着漠南蒙古泰宁部首领：孛儿只斤·把兔儿，为报父：孛儿只斤·速把亥之仇，与从父漠南蒙古内喀尔喀部首领：孛儿只斤·炒花、姑婿漠南蒙古朵颜部首领：孛儿只斤·花大，并且联合了漠南蒙古扎鲁特部首领：孛儿只斤·以儿邓，以数万铁骑入掠夺大明辽东都指挥使司沈阳中卫物资，又转而攻打开原卫、铁岭卫。
但很快就被明太子太保兼辽东总镇总兵：李成梁，与明广东宁前兵备道左参议：李松，及时出兵给击败，还斩杀敌军八百人。
7月10日明都察院湖广道监察御史：龚仲庆，再次疏劾明太仆寺少卿：李植，以及明詹事府右春坊右中允：吴中行、明太常寺少卿：沈思孝，三人为邪臣。
8月初9日明神宗采用明太子少保兼礼部尚书：徐学谟，的建议，选择大峪山为造其陵墓之地，即日开始动工兴建。
然而明太仆寺少卿：李植，则以上奏称“寿宫地有积石。”
而明内阁首辅：申时行，则主张支持明礼部尚书，反被明都察院右佥都御史：江东之、明太常寺卿：羊可立，一起上奏称“地果吉利则不宜有石，有石则宜另择他处。”
但是明礼部尚书以私意主其非议，明内阁首辅也一味地支持此举。
两人还上奏辩解道“当初陛下阅查此地时，太仆寺少卿李大人、都察院右佥都御史江大人，可并没有说此地有石，今已有两年，忽创此议，很明显是为了借此倾害大臣。”
使得明神宗当即下令责骂明太仆寺少卿、明都察院右佥都御史、明太常寺卿，三人当时傻傻站着，均无一言敢发，还被夺俸禄半年。
9月15日明太仆寺少卿等人仍坚持大峪山寿宫有石，并建议皇帝陛下习葬法之人为其「有石」说作证明，疏送上而不予呈报。
此时本与李、江、羊，三人相结交的明文渊阁大学士：王锡爵，居然耻与三人所伍，便反戈一击，说明太仆寺少卿三人从治张阁老、冯公公，之狱以来，辄自动依附于明詹事府右春坊右庶子：赵用贤，等撄鳞折槛之党，且日寻戈矛。
仅有朝中的明太子少保兼武英殿大学士：许国、明工部尚书：杨巍、明刑部左侍郎：舒化，等大臣为正义派与另一派互相弹劾对方，以劝说皇帝陛下不要换地为主，毕竟随意更换地区是要动许多人力和物力的。