这两军区都属于是好消息，天启只需要知道就行了，但西南军区的消息就有点不那么让人满意。朱燮元被升为军机大臣后来北京见了一面就回去了，主要是协调当地各军官之间的关系，据说有很多军官不满意秦良玉一介女流当大总兵。与此同时还有分属四川、云南、贵州等不同省份的军官，他们平时都抱成团也就是人们常说的搞小集体小山头，各省间的人还经常为了功劳的判定扯皮，军务院正在为这事想办法。
天启这天也正在军务院中听大家的建议，除了朱燮元没有回京外其他各军机大臣都回来了，大家都各抒己见对西南军区的事品头论足，反正事不关己说说也无妨。有的说对这种山头主义要严令禁止，也有的说要根据实际情况区分对待，正在这时有人报说林丹汗的兄弟土巴亥求见，天启不由得有些摸不清其真实想法。
孙承宗这时候突然说了句：“皇上，自从林丹汗被皇太极逼迫向西迁移以来，臣就在想一种可能，现在蒙古各部生内乱林丹汗已经遭受重创，臣想应该是时候提一提这事。今天正好他的兄弟作为使者来此，皇上可以亲自见一见他顺便提一下蒙古内附的事。”
天启想了想点头说：“用兄弟作为使者而且坚持要见朕，肯定有什么话要说或者有什么举动要事先打招呼，干脆先生跟朕一块儿去见一见，我们可以根据他的要求见机行事。”
孙承宗答应后让王在晋主持会议继续商议西南军区的事，顺便跟袁可立商议一下连环船和新型大炮上船的问题，自己跟天启在军务院坐等土巴亥的到来。
过了一会儿，土巴亥被两个小太监带了进来，见天启跟孙承宗都坐在那里不由得一愣，接着弯腰向天启行礼问好，天启伸手示意他坐然后介绍道：“这是朕的老师、军务院席军机大臣孙承宗孙先生，台吉远来辛苦先喝两口茶，有什么话都可以呆会儿再说。”
土巴亥也是个实在人，他喝了两口后说道：“我以前一直不知道为什么见到大明的皇帝就有种亲切感，现在才知道原来是因为你没有那么多架子，可以跟手下的臣子们平起平坐的说话。孙先生的大名我们也有耳闻，只是不知道今天能亲自看见，用你们大明的话就是大名如雷贯耳三生有幸！”
孙承宗说：“我大明皇上提倡平等，不但你钦佩连我等大明的臣子也是钦佩无比，这次台吉要求面见皇上一是表达对皇上的钦佩之意，另外恐怕也有别的意思吧？”
土巴亥说：“是的，前一阵有数部蒙古叛乱者联合起来攻击我部，其中朵颜部和喀喇沁部的人据说是从大明的边墙中跑出来的，我兄长想问问大明方面对此知不知情？”
孙承宗见土巴亥直问其事，眨了眨眼睛想着该怎么回答，谁知道天启这时候说道：“这事朕知道，不但知道而且可以说朕允许他们这么做。”
土巴亥一听脸色大变，问道：“请问这是什么意思？难道大明见我插汉部势穷要趁火打劫吗？”